北海道立子ども総合医療・療育センターは、出生前から一貫した医療・療育体制を確保するため、全道域を対象とした高度で専門的な医療を担っている小児総合保健センター（本センター医療部門の前身）と道央・道南地域における療育機能を担っている札幌肢体不自由児総合療育センター（本センター療育部門の前身）の機能を一体的に整備し、平成19年9月に開設されました。
医療部門（道立小児総合保健センター）の沿革
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| 昭和48年 4月 | 道衛生部保健予防課に小児センター設立準備室設置 |
|---|---|
| 昭和48年 7月 | 医療法による病院開設許可 |
| 昭和51年 7月 | 本館完成 |
| 昭和51年10月 | 看護婦宿舎完成 |
| 昭和52年 6月 | 職員公宅完成 診療開始 診療科（小児科、小児外科、麻酔科、放射線科） 病棟（新生児病棟、乳児病棟、手術・集中治療棟） |
| 昭和56年 9月 | 幼児病棟開設 |
| 昭和57年10月 | 診療2科追開設（脳神経外科、心臓血管外科） |
| 平成 5年 3月 | MRI棟完成 |
| 平成12年10月 | 新生児特定集中治療室認可 |
| 平成13年 4月 | 相談室開設 理学療法士配置 |
療育部門（道立札幌肢体不自由児総合療育センター）の沿革
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| 昭和27年11月 | 北海道整肢学院を設置 |
|---|---|
| 昭和28年 5月 | 入所開始、病院開設許可（診療科は整形外科、小児科） |
| 昭和28年 6月 | 琴似町立琴似小中学校分教室附設 |
| 昭和36年 4月 | 北海道立整肢学院と名称変更 |
| 昭和36年12月 | 母子入院施設入所開始 |
| 昭和37年12月 | 北海道立札幌整肢学院と名称変更 |
| 昭和39年 3月 | 分教室廃止 |
| 昭和39年 4月 | 北海道札幌琴似養護学校開設 |
| 昭和46年12月 | 新庁舎竣工 |
| 昭和47年 4月 | 札幌肢体不自由児総合療育センター設置 |
| 昭和47年 5月 | 新庁舎へ移転、外来診察開始、眼科開設 |
| 昭和48年 6月 | 麻酔科開設 |
| 昭和49年 2月 | 歯科開設 |
| 昭和55年11月 | 新訓練棟増築（外来訓練室等増築） |
| 昭和59年 3月 | 重度病棟（第2病棟）、訓練病棟（第3病棟）増築 |
| 昭和59年12月 | 母子棟増築 |
| 昭和62年10月 | 耳鼻咽喉科開設 |
| 平成 3年 8月 | 精神科開設 |
| 平成 5年 4月 | 機能訓練係を訓練課に改組（理学療法係、作業療法係、言語療法係新設） |
新センター整備沿革
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| 平成14年 2月 | 北海道立小児総合医療・療育センター（仮称）基本計画策定 |
|---|---|
| 平成15年 3月 | 基本設計 |
| 平成16年 3月 | 実施設計 |
| 平成16年 7月 | 病院開設許可 |
| 平成16年10月 | 工事着工 |
| 平成19年 2月 | 竣工 |
| 平成19年 9月 | 子ども総合医療・療育センター開設 |